マンションを建てた会社とリフォーム会社は別でもよいのでしょうか？

もちろん、リフォーム会社は別でもかまいません。

新築時のマンション分譲会社やその関連会社がリフォーム事業を行っている場合など、あらかじめ指定の会社があるかのような案内がなされることもありますが、管理規約でリフォーム会社を限定しているケースはほとんどありません。
現代の多様なライフスタイルやご希望のデザイン、予算に合わせて、最適な提案をしてくれる専門会社を自由に比較・検討してください。

ご不明な点は管理規約を確認するか、専門家へご相談ください。